TÜM GENOM DİZİLEME ANALİZLERİNİ HIZLANDIRIN

NVIDIA Clara Parabricks ile yüksek verim ve doğruluklu,
DNA ve RNA dizileme deneyimi yaşayın

BİLGİ AL

TÜM GENOM DİZİLEME ANALİZLERİNİ HIZLANDIRIN

NVIDIA Clara Parabricks ile yüksek verim ve doğruluklu,
DNA ve RNA dizileme deneyimi yaşayın

BİLGİ AL

NVIDIA Clara Parabricks ile daha hızlı ve yüksek doğruluklu genomik analizi yapabilirsiniz. Parabricks, GPU hızlandırmalı hesaplamalı genomik uygulama kütüphanesidir. Araştırmacılara, klinik ekiplere, medikal merkezlere, yüksek doğruluklu ve hızlandırılmış yeni nesil dizileme çözümleri sağlar.

Parabrıcks Dokümanı

Yüksek Verim

Tek bir sunucu, günde 60’a yakın tüm genom analizi yapabilir.

Yüksek Doğruluk

Doğruluk değerinden ödün vermeden analiz süresini kısaltır. Parabricks, Germline ve somatic çağırıcılar ile birlikte gelir.

Esnek İş Akışları

Özel iş akışları veya uygulama ihtiyacı için 33’ün üzerinde aracı yapılandırarak özelleştirilmiş, hızlandırılmış iş akışları oluşturun.

30-60x Daha Hızlı

Tek CPU’lu çözümlere göre, 30-60x daha fazla hızlandırma sağlayarak, hesaplama süresinde %50’ye yakın verim sağlayın.

Genomik Analizi İçin Hızlandırılmış Uygulamalar

NVIDIA, FASTQ, İkili Hizalama Haritası (BAM) ve VCF’ye kadar, somatik, germline ve yapısal değişken iş akışları için genomik analizlerini hızlandırır. Bu sayede dizileme hızı ve konsensüs bazları okuma doğruluğu artar.

Kanser Dizileme

5 somatic caller ile kanser sekanslama çalışmarınızda 40 kata kadar hızlanmanın yanında gen panelleri için destek, moleküler barkodlar veya benzersiz moleküler indeksler ile artırılmış doğruluk sağlanır.

Tüm Genom Analizi

Tek nükleotid polimorfizmleri (SNP’ler), eklemeler ve silmeler (indeller) ve yapısal varyant çağırma dahil olmak üzere modernleştirilmiş uçtan uca kullanım durumları için geniş çeşitlilikteki araçlarla tüm genom analizini 60 kata kadar hızlandırın.

Ekzom Dizileme

Yüksek doğruluklu variant calling, germline ve somatic callers paketi ile ekzomları beş dakikadan kısa sürede analiz edin.

RNA Dizileme

Ekleme duyarlı hizalamadan (splice-aware alignment) füzyon algılamaya ve gen ifadesi nicelleştirmeye kadar RNA dizilimini hızlandırmak için tasarlanmış araçları kullanın.

Eşsiz Performans ve Doğruluk

Germline Varyant Analizini Hızlandırın

Clara Parabricks, bir dizi donanım konfigürasyonlu NVIDIA A100 Tensor Çekirdek GPU’ları ile FastQ’dan VCF’ye kadar çalışmalarınızı gözle görülür şekilde hızlandırır. Genomik araştırmacıları, dizilemeden variant calling adımlarına kadar bütün analiz sürecindeki hızlanmayı deneyimlemiş olur. Daha fazla GPU kullanıldığı zaman, yalnızca CPU kullanan sistemlerin aksine hesaplama sürelerinde doğrusala yakın bir ölçekleme gözlenir. Böylece 80 kata kadar hızlandırma sağlanmış olur.

30 Dakikadan Kısa Sürede, Tam İnsan Genom Analizini 30 Kat Daha Fazla Kapsamda Analiz Edin

Testler NVIDIA DGX™ A100 320GB sisteminde yapıldı. Tüm analizler, GATKv4.1.0 HaplotypeCaller ile yapılan varyant calling ile 30X kapsamaya dizilmiş HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) üzerinde yürütülmüştür.

Germline Calling Adımında Doğruluğu En Üst Noktaya Çıkarın

Clara Parabricks ile, yanlış pozitif ve/veya yanlış negatif çağrıları (call) en aza indirerek doğruluğu artırmak için birden fazla germline caller aynı anda çalıştırılabilir. Aşağıdaki grafikte gösterildiği gibi, hem DeepVariant hem de HaplotypeCaller çalıştırıldığında DeepVariant, HaplotypeCaller tarafından kaçırılan yaklaşık 5.000 varyantı rapor edebildi.

Germline tespiti için en yaygın kullanılan referans HG002 Bottle Genom (GIAB NIST), 30X kapsamaya göre dizilenmiştir. Test, AWS g4dn.12x GPU’larında yapıldı.

Somatic Mutasyon Analizlerini Hızlandırın

Clara Parabricks, dört somatik callers için çalışma sürelerini hızlandırır ve CPU’ya kıyasla yapılan analizi 66 kata kadar hızlandırır. Mutect2 ve Muse ile tam insan genom analizi 30 saatten bir saatin altına düşürülebilir. Parabricks yazılım paketinde 5 somatic callers bulunmaktadır.

Kanser Dizilemeyi 66 Kat Hızlandırın

kanser dizileme

Parabricks örnekleri, 488 GB düğümlü 8 NVIDIA V100 Tensor Core GPU kullanırken, CPU temeli için 128 GB düğümlü 32vcpu kullanılarak performans çalışma süreleri elde edildi. Kullanılan veriler 50X SEQC-II iken LoFreq için metrikler 30X veri seti kullandı.

Somatic Calling Görünürlüğünü ve Doğruluğunu Artırın

Clara Parabricks, doğruluğu artırmak ve verilerinizden daha fazla içgörü elde etmek için aynı anda birden fazla somatic callers kullanmanızı sağlar. MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 ve Somatic Sniper olmak üzere beş somatic callers paketi, kapsamlı mutasyon tespiti için kullanılabilir. Güvenilir sonuçlarla daha yüksek hızlarda daha fazla varyantı ortaya çıkarmak için bunları tek tek veya birlikte çalıştırabilirsiniz.

Beş farklı callers için somatik değişkenleri gösteren Dizileme Kalite Kontrol Aşaması (SEQC-II) verilerinin yüksek güvenilir bölgeleri. Test, AWS’de g4dn.12x GPU’larında yapıldı.

Kurum İçinde veya Bulutta Yeni Nesil Dizileme

NVIDIA Clara Parabricks çalışmak için en az 2 GPU’ya ihtiyaç duyar. Şirket içi lisans, NVIDIA Clara Parabricks yazılım paketindeki germline, somatic gibi tüm veri hatlarına tam erişim içeren, bir GPU başına yıllık aboneliktir.

Kurum İçi Çözümler

NVIDIA DGX™ A100’de çalıştırılan Clara Parabricks, Broad Enstitüsünün genomik analiz aracı olan GATK ile bir yılda 25,000 tüm genom analizi yapabilir.

NVIDIA DGX A100

Bulut

Bulut uygulamalarında, zaman para demektir. Dakikalar içinde genom analizi yapabilen GPU örnekleri arasından seçim yapın. AWS Amazon Machine Image(AMI)’te Clara Parabricks yüklüdür.

Parabrıcks AWS

KAYNAKLAR

Parabricks İş Akışları Destek Hizmetleri, üretim analiz sistemleriniz için verimliliği artırmanın ve sistem kesinti süresini azaltmanın kolay ve güvenilir bir yolunu sunar. Parabricks için NVIDIA Destek Servisleri aşağıdakileri içerir.

  • NVIDIA teknik uzmanları ile direkt iletişim
  • Parabricks Veri Hatlarının kurulum ve kullanma desteği
  • Hızlı destek ve sorun çözümü (7/24 destek)
  • Yazılıma ait, versiyon yükseltmeleri, bakım güncellemeleri, hata düzeltmeleri ve güvenlik yamalarına tam erişim
  • Onaylanmış hatalara anlık çözüm desteği
Clara Parabricks, sadece 10 dakikada kurulur ve 90 günlük ücretsiz kullanım sunar. İsterseniz aşağıdaki video ile adım adım başlayabilir, isterseniz program ve araçlar hakkında daha detaylı bilgi için Parabricks teknik dokümanına ulaşabilirsiniz.

NVIDIA Parabricks Başlangıç Videosu > 

NVIDIA Parabricks Teknik Dokümanı > 

NVIDIA Clara Parabricks Hakkında Detaylı Bilgi Almak ve Deneme Sürümünü Başlatmak İçin Bilgi Alın.

BİLGİ AL

NVIDIA GPU’ları Canlı Hücre Simülasyonlarını Mümkün Kılıyor

Canlı olan her hücre, enerji üretimi, protein sentezleme, gen transkripsiyonu gibi süreçlerden sorumlu binlerce bileşene sahiptir. Urbana-Champaign'deki Illinois Üniversitesi'ndeki bilim insanları, bu fiziksel ve kimyasal özellikleri par...

Devamını Oku

UK Biobank ve NVIDIA, Genomik Verilere Erişimi Kolaylaştırıyor

UK Biobank, devasa büyüklüğe ulaşan veri setini, NVIDIA GPU destekli analiz araçlarıyla beraber bulutta kullanıma sundu. Bulut servisi, genomik verilere ve analizlere erişimi kolay hale getiriyor. UK Biobank, Birleşik Krallık'ta 500.000...

Devamını Oku

GTC22: Sağlık ve AI Teknolojileri

Sağlık alanında teknolojik gelişmelerin ne kadar önemli olduğunu pandemi günlerinde öğrendik. Covid-19 yapısının bilgisayar destekli sistemler ile incelenmesinden tutun da hasta takip sistemlerinin iyileştirilmesine kadar her alanda k...

Devamını Oku