NVIDIA Clara Parabricks ile daha hızlı ve yüksek doğruluklu genomik analizi yapabilirsiniz. Parabricks, GPU hızlandırmalı hesaplamalı genomik uygulama kütüphanesidir. Araştırmacılara, klinik ekiplere, medikal merkezlere, yüksek doğruluklu ve hızlandırılmış yeni nesil dizileme çözümleri sağlar.

Tek bir sunucu, günde 60’a yakın tüm genom analizi yapabilir.

Doğruluk değerinden ödün vermeden analiz süresini kısaltır. Parabricks, Germline ve somatic çağırıcılar ile birlikte gelir.

Özel iş akışları veya uygulama ihtiyacı için 33’ün üzerinde aracı yapılandırarak özelleştirilmiş, hızlandırılmış iş akışları oluşturun.

Tek CPU’lu çözümlere göre, 30-60x daha fazla hızlandırma sağlayarak, hesaplama süresinde %50’ye yakın verim sağlayın.

NVIDIA, FASTQ, İkili Hizalama Haritası (BAM) ve VCF’ye kadar, somatik, germline ve yapısal değişken iş akışları için genomik analizlerini hızlandırır. Bu sayede dizileme hızı ve konsensüs bazları okuma doğruluğu artar.

5 somatic caller ile kanser sekanslama çalışmarınızda 40 kata kadar hızlanmanın yanında gen panelleri için destek, moleküler barkodlar veya benzersiz moleküler indeksler ile artırılmış doğruluk sağlanır.

Tek nükleotid polimorfizmleri (SNP’ler), eklemeler ve silmeler (indeller) ve yapısal varyant çağırma dahil olmak üzere modernleştirilmiş uçtan uca kullanım durumları için geniş çeşitlilikteki araçlarla tüm genom analizini 60 kata kadar hızlandırın.

Yüksek doğruluklu variant calling, germline ve somatic callers paketi ile ekzomları beş dakikadan kısa sürede analiz edin.

Ekleme duyarlı hizalamadan (splice-aware alignment) füzyon algılamaya ve gen ifadesi nicelleştirmeye kadar RNA dizilimini hızlandırmak için tasarlanmış araçları kullanın.

Clara Parabricks, bir dizi donanım konfigürasyonlu NVIDIA A100 Tensor Çekirdek GPU’ları ile FastQ’dan VCF’ye kadar çalışmalarınızı gözle görülür şekilde hızlandırır. Genomik araştırmacıları, dizilemeden variant calling adımlarına kadar bütün analiz sürecindeki hızlanmayı deneyimlemiş olur. Daha fazla GPU kullanıldığı zaman, yalnızca CPU kullanan sistemlerin aksine hesaplama sürelerinde doğrusala yakın bir ölçekleme gözlenir. Böylece 80 kata kadar hızlandırma sağlanmış olur.

30 Dakikadan Kısa Sürede, Tam İnsan Genom Analizini 30 Kat Daha Fazla Kapsamda Analiz Edin

Testler NVIDIA DGX™ A100 320GB sisteminde yapıldı. Tüm analizler, GATKv4.1.0 HaplotypeCaller ile yapılan varyant calling ile 30X kapsamaya dizilmiş HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) üzerinde yürütülmüştür.

Clara Parabricks ile, yanlış pozitif ve/veya yanlış negatif çağrıları (call) en aza indirerek doğruluğu artırmak için birden fazla germline caller aynı anda çalıştırılabilir. Aşağıdaki grafikte gösterildiği gibi, hem DeepVariant hem de HaplotypeCaller çalıştırıldığında DeepVariant, HaplotypeCaller tarafından kaçırılan yaklaşık 5.000 varyantı rapor edebildi.

Germline tespiti için en yaygın kullanılan referans HG002 Bottle Genom (GIAB NIST), 30X kapsamaya göre dizilenmiştir. Test, AWS g4dn.12x GPU’larında yapıldı.

Clara Parabricks, dört somatik callers için çalışma sürelerini hızlandırır ve CPU’ya kıyasla yapılan analizi 66 kata kadar hızlandırır. Mutect2 ve Muse ile tam insan genom analizi 30 saatten bir saatin altına düşürülebilir. Parabricks yazılım paketinde 5 somatic callers bulunmaktadır.

Parabricks örnekleri, 488 GB düğümlü 8 NVIDIA V100 Tensor Core GPU kullanırken, CPU temeli için 128 GB düğümlü 32vcpu kullanılarak performans çalışma süreleri elde edildi. Kullanılan veriler 50X SEQC-II iken LoFreq için metrikler 30X veri seti kullandı.

Clara Parabricks, doğruluğu artırmak ve verilerinizden daha fazla içgörü elde etmek için aynı anda birden fazla somatic callers kullanmanızı sağlar. MuSE, Mutect2, LoFreq, Strelka2 ve Somatic Sniper olmak üzere beş somatic callers paketi, kapsamlı mutasyon tespiti için kullanılabilir. Güvenilir sonuçlarla daha yüksek hızlarda daha fazla varyantı ortaya çıkarmak için bunları tek tek veya birlikte çalıştırabilirsiniz.

Beş farklı callers için somatik değişkenleri gösteren Dizileme Kalite Kontrol Aşaması (SEQC-II) verilerinin yüksek güvenilir bölgeleri. Test, AWS’de g4dn.12x GPU’larında yapıldı.

NVIDIA Clara Parabricks Hakkında Detaylı Bilgi Almak ve Deneme Sürümünü Başlatmak İçin Bilgi Alın.